民用无人机经营许可证和无人机飞手证确实存在区别。具体分析如下：

民用无人机经营许可证：这是一种针对运营机构的资质证明，它表明该机构具备相关的技术和管理能力，能够安全、合规地运营无人驾驶航空器。这个许可证是针对整个运营机构的，而不是个人。

无人机飞手证：通常指的是无人机驾驶员的合格证书，这是对个人操作无人机能力的认证。无人机飞手证证明持证人经过了专业的培训，并且通过了相应的考核，具备了独立操作无人机飞行的能力。

总结来说，民用无人机经营许可证是对运营机构的官方认可，而无人机飞手证则是对个人飞行技能的认证。两者在无人机行业中都是非常重要的，但它们的侧重点和适用对象不同。