根据《通用航空经营许可管理规定》，通用航空企业经营许可证由企业住所地的民航地区管理局受理审批。具体办理流程如下：

申请受理：申请人通过通用航空管理系统在线提交经营许可申请材料，同时也可根据当地民航管理部门要求，将纸质版申请材料递交至企业注册地所在地监管局。

审查决定：民航地区管理局通过 “通用航空管理系统” 对申请材料进行审核，并出具受理意见。自受理之日起 20 日内作出是否准予许可的决定，若 20 日内不能作出决定，经民航地区管理局负责人批准，可延长 10 日。

结果通知：民航地区管理局在作出决定之日起 10 个工作日内向申请人颁发经营许可证，并将许可决定通过 “通用航空管理系统” 予以公布。如不予许可，将书面通知申请人，说明理由，并告知申请人享有依法申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。

办理时需提交通用航空经营许可申请书、企业营业执照、航空器相关证件、驾驶员执照、地面第三人责任险投保文件等材料。具体要求可查看中国民用航空局通用航空经营许可证办理指南。