公司名称变更后，对于用原名称申请的民用无人机驾驶航空运营合格证，需要向民航地区管理局申请变更。具体处理流程如下：

提交申请：准备好民用无人驾驶航空器经营许可证变更申请、变更后的营业执照有效证件、民用无人驾驶航空器经营许可证，向民航地区管理局提交变更申请。

审核材料与实地核查：民航地区管理局会对申请材料进行审核，必要时可能会进行实地核查，以确保申请人具备从事无人机飞行经营活动的条件。

作出决定：管理部门将在二十日内作出是否批准变更的决定。如果获得批准，申请人可以在线获取变更后的电子营业执照；如果不批准，申请人可以在网上查询原因。