无人机运输公司除了需要办理一般公司的基本手续外，还需要办理与无人机运营及运输业务相关的手续。具体如下：

公司基本注册手续

营业执照：到当地工商行政管理部门办理，确定公司名称、经营范围、注册资本等信息，经营范围需明确包含无人机运输等相关业务。

税务登记证：在取得营业执照后，向税务机关申请税务登记，确定企业的纳税义务和相关税务事项。

组织机构代码证：前往质量技术监督管理部门申请组织机构代码证，这是企业在全国范围内唯一的、始终不变的法定代码标识。

无人机运营相关手续

民用无人驾驶航空器运营合格证：除微型无人机或 150 克以下植保无人机外，其他所有机型飞行活动的运营公司都需要此证。企业需按民航局的规定和流程，准备申请材料，接受审核，确保具备安全、规范运营无人机业务的能力。

民用无人机驾驶航空器操控员执照：操控无人机的人员需持有此执照，以确保其具备熟练操控无人机进行运输作业的能力，包括对飞行原理、操作规程、应急处置等方面的深入理解和掌握。

空域申请：根据无人机的飞行任务和区域，可能需要向有关方面申请空域使用权限。通常需要提交飞行计划、时间、区域等信息，经过审批后方可在指定空域内飞行。

运输业务相关手续

道路运输经营许可证：如果无人机运输涉及到道路运输，需要到当地交通运输管理部门办理道路运输经营许可证。

货物运输保险：为了降低运输过程中的风险，需要购买货物运输保险，以保障货物在运输过程中的安全。

其他手续

安全管理制度：建立完善的安全管理制度，包括飞行前的检查流程、飞行中的监控机制以及应急处置预案等。确保在运输过程中能有效地应对各种情况，保障作业的顺利进行和人员、设备、货物的安全。

人员培训与资质管理：除操控员外，其他相关人员如维修人员、地面保障人员等也需要接受专业培训，并取得相应的资格认证，确保能够进行有效的设备维护、故障排除和地面保障工作。

此外，根据《民用无人驾驶航空器运行安全管理规则》，无人机所有人应当在民用无人驾驶航空器综合管理平台进行实名登记，取得登记标志后才能够激活使用民用无人驾驶航空器。