无人机测绘企业服务能力资质证书的发证单位主要为测绘地理信息主管部门。根据《中华人民共和国测绘法》规定，国务院测绘地理信息主管部门和省、自治区、直辖市人民政府测绘地理信息主管部门按照各自的职责负责测绘资质审查、发放测绘资质证书。其中，甲级测绘资质单位的甲级测绘资质证书由国家测绘局颁发，乙级以下测绘资质证书则由省级测绘行政主管部门颁发 。例如在湖北省，符合无人飞行器测绘航空摄影资质标准的单位，由省测绘局审批并颁发有效期为一年的《测绘资质证书》 。

此外，部分地区的自然资源主管部门也承担着测绘资质的审批和管理工作。以宁夏回族自治区为例，其自然资源厅印发的《宁夏回族自治区测绘资质管理实施细则》明确，宁夏自然资源主管部门负责全区测绘资质的审批和管理工作（导航电子地图制作甲级测绘资质除外），并可根据实际情况委托申请单位所在地级市自然资源主管部门对申请材料进行初审 。在山东，山东省公路工程技术研究中心有限公司的工程测量乙级测绘资质证书便是由山东省自然资源厅批准颁发 。

值得注意的是，不同地区可能根据当地实际情况，在具体的审批流程和管理方式上存在一定差异。企业在申请资质证书时，需密切关注当地相关部门发布的政策文件和具体要求，按照规定准备申请材料，以顺利完成资质申请工作。