合肥无人驾驶航空器运营合格证办理流程一般如下：

准备材料：准备无人机运营合格证申请表；申请人的法人营业执照或其他合法经营资质证明；无人机设备的购买凭证、技术说明书、合格证明等文件；无人机运营管理制度及相关文件；技术人员和操作人员的资格证书及培训证明等其他需要提供的材料。

提交申请：将申请材料提交至所在地民航地区管理局，可通过线上平台或前往指定的受理窗口提交。

初审：民航地区管理局对申请材料进行初审，主要审查材料的完整性、合规性以及真实性等，如有需要，可能会进行现场核查。

上报审批：初审通过后，民航地区管理局将申请材料上报至中国民用航空局。

审查决定：中国民用航空局对申请材料进行审查，并作出是否颁发无人机运营合格证的决定。

领取证书：如果申请获得批准，申请人可以前往指定地点或通过指定方式领取无人机运营合格证。

办理时间方面没有非常固定的标准，一般来说，如果材料准备齐全、符合要求，且审核过程顺利，从提交申请到领取证书可能需要3-5个工作日左右。若是遇到申请高峰期或材料需要补充、修改等情况，时间可能会更长。