申请无人机飞行主要涉及以下部门：

民用航空管理部门：根据《无人驾驶航空器飞行管理暂行条例》，使用除微型以外的民用无人驾驶航空器从事飞行活动的单位，若要取得民用无人驾驶航空器运营合格证，需向国务院民用航空主管部门或者地区民用航空管理机构申请。在中国民用航空局的统一管理下，其下属的七大地区管理局（华北、东北、中南、华东、西南、西北、新疆管理局）可办理相关许可证。

空中交通管理机构：在管制空域内飞行无人机，需要提前向对应飞行管制分区的空中交通管理机构提出申请，提交包括飞行时间、地点、高度、机型、驾驶员信息等在内的飞行计划。一般可通过 “民用无人驾驶航空器综合管理平台” 等相关平台提交申请。

当地公安机关：完成民航局的实名登记后，无人机所有者还需向所在地公安机关进行备案。部分地区还要求飞行活动实施前在规定时间内到当地公安分局治安大队进行备案。